Chordata: Sinapomorfias:
Cauda pós-anal muscular;
Notocorda;
Tubo nervoso dorsal oco;
Larva com fendas faríngeas;
Endóstilo.
Euchordata: Sinapomorfias:
Progênese;
Musculatura da cauda segmentar.
Urochordata: Sinapomorfias:
Túnica.
Cephalochordata: Sinapomorfias:
Notocorda estendendo-se até o rostro.
Craniata: Sinapomorfias:
Formação de crista neural durante neurulação;
Brânquias faríngeas endodérmicas;
Epitélio estratificado;
Musculatura axial em "w";
Cabeça distinta;
Encéfalo tripartido (prosencéfalo, mesencéfalo, rombencéfalo) no embrião;
Nervos cranianos: I (olfatório), II (óptico), V (trigêmeo), VII (facial), VIII
...(acústico), IX (glossofaríngeo) e X (vago);
Órgãos emparelhados de olfato, visão e audição/equilíbrio;
Condrocrânio protegendo encéfalo e órgãos sensoriais;
Rim glomerular;
Várias glândulas endócrinas;
Glândulas anexas ao tubo digestivo (fígado, pâncreas difuso);
Coração com 4 câmaras (seio venoso, átrio, ventrículo, cone arterial);
Corações acessórios na cabeça e cauda;
Sistema porta-hepático;
Nadadeira caudal com radiais cartilaginosos.

Hyperotreti

 Sinapomorfias:
Tentáculos orais;
Glândulas mucosas laterais grandes;
Corpo alongado.

Vertebrata

 Sinapomorfias:
Arcuália (elementos esqueléticos metaméricos dorsais à medula espinal);
Dois canais semicirculares verticais;
Neuromastos verdadeiros no sistema da linha-lateral;
Olhos com lentes verdadeiras;
Nervos cranianos: III (oculomotor), IV (troclear), VI (abducente);
Adeno-hipófise complexa;
Musculatura ocular extrínseca derivada do miótomo dos somitos cefálicos;
Nadadeiras dorsal e anal;
Músculos associados aos radiais das nadadeiras;
Coração inervado por um ramo do nervo vago (exceto no embrião);
Perda dos corações acessórios da cabeça e cauda;
Sistema circulatório totalmente fechado;
Intestino com tiflosole;
Células pancreáticas formando órgão distinto.

Hyperoartia

 Sinapomorfias:
Características associadas à lingua (esqueleto e dentículos córneos):
Sete pares de aberturas branquiais (gêneros atuais);
Corpo alongado (gêneros atuais).

táxon 4

 Sinapomorfias:
Exoesqueleto mineralizado;
Sistema da linha-latral em canais e sulcos.

táxon 5

 Sinapomorfias:
Osso ou calcificação pericondral;
Ducto endolinfático abrindo-se externamente.

táxon 6

 Sinapomorfias:
Nadadeiras emparelhadas na região anterior e associadas a musculatura;
Duas nadadeiras dorsais;
Nadadeira caudal epicerca;
Osso dérmico celular.

Gnathostomata

 Sinapomorfias:
Maxilas formadas pela cartilagem do palatoquadrado e cartilagem mandibular, ...associadas a elementos dérmicos;
Cartilagem do palatoquadrado une-se rostralmente ao crânio, sem a contribuição do arco visceral imediatamente posterior (= suspensão maxilar autodiastílica);
Dentes com dentina;
Trabéculas incorporadas ao condrocrânio;
Terceiro canal semicircular (horizontal);
Otólitos;
Fibras nervosas mielínicas;
Raizes dorsal e ventral dos nervos espinais unem-se ao lado da medula;
Arcos branquiais internos às brânquias;
Brânquias formadas com contribuição do ectoderme;
Septo horizontal dividindo musculatura axial em epaxial e hipo-axial;
Um par de nadadeiras na região pélvica;
Cinturas internas associadas às nadadeiras peitorais e pélvicas;
Elementos esqueléticos relacionados ao corpo vertebral;
Gametas masculinos transportados pelo ducto urinário;
Válvula espiral no intestino;
Sistema porta-renal;
Pâncreas com funções exócrina e endócrina;
Baço;
Vários hormônios endócrinos.

Placodermi

 Sinapomorfias:
Armadura do corpo forma um anel completo e possui uma placa dorsal mediana;
Várias características ósseas.

Eugnathostomata

 Sinapomorfias:
Presença de uma articulação pós-orbital (ótica) entre a cartilagem do ...palatoquadrado e o crânio, mediada pelo elemento dorsal (hiomandibular) do ...arco visceral imediatamente posterior (arco hióideo) (= suspensão maxilar ...anfistílica);
Posição da inserção dos músculos extrínsecos dos olhos na órbita modificada em relação ao padrão dos peixes agnatos e dos Placodermi.
Chondrichthyes Sinapomorfias:
Cartilagem calcificada prismática;
Escamas placóides (dentina recoberta por enamelóide);
táxon 9 Sinapomorfias:
Metapterígio pélvico transformado em órgão de cópula (clásper) nos machos;

Holocephali

 Sinapomorfias:
Arcos branquiais situados ventralmente à caixa craniana;
Raios e cartilagem opercular grandes;
Opérculo membranoso;
Adaptações à durofagia;
Cartilagem do palatoquadrado fundida à caixa craniana (suspensão autostílica).
Elasmobranchii Sinapomorfias:
Dois espinhos nas nadadeiras dorsais;
Características do esqueleto branquial;
Presença de septo branquial (gêneros atuais)
Neoselachii Sinapomorfias:
Base das nadadeiras pares estreita;
Maxilas articulam-se ao crânio apenas pelo hiomandibular (condição hiostílica);
Boca em posição ventral e rostro prolongado.
Batoidea Sinapomorfias:
Corpo deprimido;
Adaptações à durofagia (p.e., dentes achatados formando placas);
Fendas branquiais 2 a 5 em posição ventral;
Fenda branquial 1 (espiráculo) dorsal e ampliada.
Teleostomi Sinapomorfias:
Narinas anteriores e posteriores separadas;
Opérculo ósseo;
Três otólitos;
Raios branquistegais.

Acanthodii

 Sinapomorfias:
Espinhos associados às nadadeiras peitoral e pélvica;
Ao menosum par de espinhos adicional entre as nadadeiras peitoral e pélvica;
Espinhos associados às nadadeiras dorsais e anal;
Caracterísitcas da estrutura das escamas.

Osteichthyes
(= Euteleostomi)

 Sinapomorfias:
Nadadeiras com lepidotríquias (raios);
Presença de pulmão ou bexiga natatória derivados do tubo digestivo;
Padrão de ossificação da cintura peitoral;
Modificações no padrão da musculatura da faringe e da mandíbula.

Sarcopterygii

 Sinapomorfias:
Junta intercraniana;
Nadadeiras pares musculares do tipo arquipterígio;
Dentes recobertos por esmalte.

Actinistia

 Sinapomorfias:
Articulação mandibular dupla;
Órgão rostral;
Bexiga natatória ossificada;
Perda do osso maxilar.

táxon 11
(Rhipidistia, sensu Janvier 1996)

 Sinapomorfias:
Dentina e esmalte com padrão circunvoluto nos dentes;
Ausência de contato entre os ossos malixar e pré-opercular;
Processos púbico e isquático na cintura pélvica;
Conus arteriosus do coraçãoparcialmente dividido;
Padrão de ossos da caixa craniana típico.
Dipnomorpha Sinapomorfias:
Nadadeira peitoral alongada;
Túbulos rostrais;
Padrão de ossos do crânio.
Dipnoi Sinapomorfias:
Placas dentárias massivas com superfície adornada com cristas radiais de dentina;
Falsas coanas.

Choanata

 Sinapomorfias:
Narina externa simples (uma abertura de cada lado do rosto);
Coanas (aberturas internas das narinas).
táxon 12 Sinapomorfias:
Órbitas localizadas dorsalmente;
Perda das nadadeiras dorsal e anal;
Úmero alongado;
Ossos frontais longos e unidos medialmente.

Stegocephali

 Sinapomorfias:
Apêndices pares com dígitos;
Apêndices denominados "quirídios", caracterizados por possuir um osso proximal (fêmur/úmero) e dois ossos mediais (tíbia-fíbula/rádio-ulna);
Septo completo no átrio;
Epitélio com estrato córneo bem desenvolvido;
Tímpano;
Janela oval;
Columela derivada do hiomandibular participando da amplificação de estímulos sonoros;
Ducto lacrimal (para manutenção do epitélio olfatório úmido);
Pálpebras;
Perda das nadadeiras ímpares e das membranas dos apêndices pares;
Coluna vertebral com região sacral (vértebra com pelo menos um par de costelas sacrais contactando o íleo de cada lado) desenvolvida;
Escapulocoracóide com uma lâmina escapular ampla;
Ausência de ossos dérmicos na cistura peitoral dorsalmente ao supracleitro;
Amplo contacto na sutura entre o jugal e o quadradojugal;
Par único de ossos nasais.

Actinopterygii

 Sinapomorfias:
Nadadeira dorsal única (originalmente; pode estar dividida em alguns Teleostei);
Elementos basais da nadadeira peitoral aumentados;
Dentes recobertos na extremidade por acrodina (tecido originário tanto do ectoderma como de células do ectomesêmquima) e na base por esmalte (derivado do ectoderma);
Raios das nadadeira ímpares articulam-se com elementos esqueléticos internos ao corpo, sem a interveniência de lobos basais;
Escamas com padrão típico de articulação e revestinas por ganoína (presente nos grupos mais basais);
Perda na cistura pélvica e sua substituição por parte do metapterígio;
Telencéfalo invertido;
Seqüências de nucleotídeos características.
Cladistia Sinapomorfias:
Espinhos dorsais característicos;
Fusão de ossos da face;
Padrão esquelético das nadadeiras peitorais e pélvicas;
Nadadeira caudal semelhante a uma dificerca;

(plesiomorfias de Actinopterygii: manutenção de espiráculo, pulmão ventral, válvula espiral no intestino,
Actinopteri Sinapomorfias:
Escamas da margem de ataque das nadadeiras fundidas.
Chondrostei Sinapomorfias:
Perda do miodomo posterior (recesso mediano da cavidade orbital onde se originam os músculos reto oculares);
Sínfise rostral dos palatoquadrados;
Redução das escamas do corpo e nadadeiras.
Neopterygii Sinapomorfias:
Número de lepidotríquias (raios das nadadeiras) igual ao dos radiais nas nadadeiras dorsal e anal;
Nadadeira caudal heterocerca abreviada;
Dentes dorsais da faringe consolidados em placas dentárias.
Halecostomi Sinapomorfias:
Maxilar liberado caudalmente dos demais ossos da face e com articulação móvel em relação ao pré-maxilar.
Teleostei Sinapomorfias:
Uroneurais (arcos neurais alongados) no esqueleto caudal;
Nadadeira cauda homocerca;
Pré-maxilar com articulação móvel;
Placas dentígeras medianas sobre elementos basibranquial e basi-hióideo.
táxon 15 Sinapomorfias:
Redução das estruturas branquiais;
Forma da ulna.
táxon 16 Sinapomorfias:
Membros pentadáctilos nos membros posteriores;
Sistema da linha lateral aberto na maioria dos ossos dérmicos do crânio.
Tetrapoda Sinapomorfias:
Membros pentadáctilos nos membros anteriores;
Fechamento da fenda branquial;
Presença de côndilos occipitais.
táxon 17 (Reptiliomorpha) Sinapomorfias:
Estrutura vertebral do tipo embolômera (ampliação do centro e redução do intercentro).
táxon 18 Sinapomorfias:
Fechamento da fossa pós- temporal.
Amniota Sinapomorfias:
Ossificações separadas para escápula e coracóide;
Maior redução do intercentro vertebral;
Membranas embrionárias (amnio, cório, alantóide).
táxon 19
(Batrachomorpha)		 Sinapomorfias:
Quatro dígitos na mão;
Caracteres de crânio.
Lissamphibia Sinapomorfias:
Tegumento muito glandular (glândulas mucosas e proteináceas);
Respiração tegumentar;
Presença de papilla amphibiorum na parede do sáculo do ouvido interno;
Presença de um segundo osso (opérculo) no ouvido médio;
Bastonetes verdes na retina;
Dentes pedicelados;
Estrutura do músculo levator bulbi (protração dos olhos).
Theropsida Sinapomorfias:
Verticalização do quadrado com oclusão do tímpano;
Synapsida Sinapomorfias:
Verticalização do quadrado sem oclusão do tímpano;
Sauropsida Sinapomorfias:
Parareptilia Sinapomorfias:
Testudines
(= Chelonia)		 Sinapomorfias:
Presença de um casco formado pela carapaça e plastrão
Diapsida Sinapomorfias:
Lepudosauromorpha Sinapomorfias:
em construção
Archosauromorpha Sinapomorfias:
em construção
Deuterostomia Sinapomorfias:
Simetria bilateral;
Blastóporo dá origem ao ânus;
Boca é neoformação;
Adultos com tentáculos ciliados;
Protocele pequena;
Mesocele com canais internos aos tentáculos;
Metacele com gônadas e metanefrídios.
Phoronida Sinapomorfias:
Adultos com prosopigia e porção dorsal curta
Brachiopoda Sinapomorfias:
Adultos com prosopigia e porção ventral curta.

Neorenalia

 Sinapomorfias:
Complexo axial;
Metacele sem metanefrídios;
Gonodutos separados.
Echinodermata Sinapomorfias:
Mesocele esquerda torna-se o sistema hidrovascular;
Pentameria.
Pterobranchia Sinapomorfias:
Prossoma com sola ciliada rastejadora (probóscide);
Coloniais ou semi-coloniais.
Cyrtotreta Sinapomorfias:
Sem tentáculos ciliados;
Fendas faríngeas em forma de "U" com esqueleto colágeno;
Células mono- e multiciliadas.

Enteropneusta

 Sinapomorfias:
Cordão nervoso tubular no mesômero;
Fendas branquiais abrindo-se em uma fileira de cestas;
...branquiais laterais.